Mae Urdd (Ysbytwyr) Sant Ioan yn dyddio'n ol i Jerwsalem yr 11eg ganrif pan ddechreuodd mynachod ofalu am bererinion a oedd yn dost neu wedi'u hanafu wrth iddyn nhw deithio'n bell i'r Wlad Sanctaidd. Roedden nhw'n cael eu galw'n Farchogion yr Ysbyty ac, wrth i'r ymladd fynd yn ffyrnig yng Nghyfnod Rhyfeloedd y Groes, roedden nhw wedi cymryd cyfrifoldeb am amddiffyn y rheini dan eu gofal.

Cawson nhw'u gorfodi i ffoi o Jerwsalem ym 1187. Aeth yr Urdd o wlad i wlad cyn ymsefydlu ym Malta yn ystod yr 16eg ganrif. Byddai'n aros yno 1798 pan roedd Napoleon wedi'u gorfodi nhw i adael. Erbyn hynny roedd yr Urdd wedi tyfu o ran cyfoeth a dylanwad ar draws gwledydd Ewrop, a pharhau i gyflawni'u hamcanion gwreiddiol nhw, sef gofalu am bobl dost a thlawd o bob cefndir cymdeithasol.

Yn dilyn adeg o gael eu gorfodi i beidio â'u gwaith ym Mhrydain yn ystod teyrnasiad Harri'r Wythfed, cafodd Urdd Sant Ioan ei chydnabod yn swyddogol gan y Frenhines Fictoria ym 1888 yn sgil eu gwaith gwirfoddol ac elusennol nhw. Cafodd Priordy Cymru ei sefydlu ym 1918 er mwyn cynorthwyo â gwaith y swyddogion cymorth cyntaf a oedd wedi bod yng Nghymru ers 1890.